A história do município de São José dos Pinhais começou exatamente onde está assentada a cidade, quando ocorreu inesperado massacre de expedição lusitana, ainda no século XVI. Eram homens comandados por Francisco Chaves, que fazia parte da primeira expedição sob o comando de Martim Afonso de Sousa ao Brasil, onde o donatário aportou em 1531. Se aventuraram, ao sair de Cananéia, a penetrar no sertão meridional a investida foi fatal, pois depararam-se com tribos indígenas nas cabeceiras do rio Goyo-Covó, que lhes custou a passagem e vida.
Outras expedições se sucederam, porém mais felizes, e aos poucos os Campos de Curitiba foram sendo ocupados. A procura pelo ouro foi a principal força que impulsionou aos intrépidos aventureiros e ousados bandeirantes que permearam este chão. As minas de ouro de Arraial Grande são que deram origem à cidade de São José dos Pinhais.
Em 1690, o reverendo João da Veiga Coutinho construiu em Arraial Grande uma pequena capela, sob a invocação do Senhor Bom Jesus dos Perdões. O afluxo de pessoas à região continuou, sendo que em 1741, Balthazar Veloso da Silva e Salvador Albuquerque ainda exploravam as minas de ouro de Arraial Grande. No ano de 1775 foi nomeado guarda-mor do povoado o paulista José de Barros Lima.
Em ano de 1775 o povoado é elevado à categoria de freguesia, e Arraial Grande sente a necessidade de um novo templo. A antiga capela do Senhor Bom Jesus dos Perdões não estava suportando a carga do tempo, pois também servia de matriz paroquial, cujo santo padroeiro era São José. Passado algum tempo a capela encontrou-se em estado de ruínas, foi então demolida e a imagem do santo levada ao Rio de Janeiro para ser encarnada. Posteriormente outra igreja foi construída. Data de 1831 a criação da primeira escola primária de São José dos Pinhais.
Pela lei provincial nº 10, de 16 de junho de 1852, a freguesia foi elevada à categoria de vila, cuja instalação se deu em 8 de janeiro de 1853. Através da lei provincial nº 474, de 5 de abril de 1877, sancionada pelo presidente Joaquim Bento de Oliveira Júnior, a vila de São José dos Pinhais passou a ser sede de comarca, sendo classificada de primeira entrância no dia 27 de junho de 1878, através do decreto-lei provincial nº 6.983.
Em 1878 foi fundado o núcleo colonial de Murici, com 357 imigrantes poloneses galicianos e silesianos, e ainda italianos procedentes da região norte daquele país. Estas famílias foram instaladas em setenta e três lotes rurais. Outra colônia desenvolvida no interior do município foi a Inspetor Carvalho, que comportou 165 imigrantes galicianos e italianos, distribuídos em setenta e dois lotes. A Colônia Zacharias iniciou-se com 132 imigrantes poloneses e italianos, que se dividiram em vinte e seis lotes. Desenvolveram-se ainda as colônias Silveira da Mota, Zaira e Acioli, Santo Antonio, Padre Paulo, Rio Abaixo, Afonso Pena, Marcelino, Ifigênia e São Francisco Xavier.
Algumas de maior destaque, a exemplo das colônias Muricy e Inspetor Carvalho tiveram espetacular progresso, mas todas exerceram fundamental papel no povoamento e crescimento de São José dos Pinhais, dando excepcional parcela de contribuição na formação social, cultural e econômica da comunidade. De acordo com a lei estadual n° 259, de 27 de dezembro de 1897, sancionada pelo governador José Pereira dos Santos Andrade, São José dos Pinhais recebeu foros de cidade. Hoje é um dos mais importantes municípios do estado brasileiro do Paraná, destacando-se na área industrial.
